La storia del Santuario di S. Maria dei Miracoli ha inizio con la scoperta della laura basiliana di S. Margherita in lama. Era il 10 marzo 1576, di sabato, quando Giannantonio Tucchio, accompagnato dall’avv. Annibale Palombino e da un ragazzo, Giulio da Torrito, spintovi dalle indicazioni della Vergine venutagli in sogno, entrò nella grotta di S. Margherita, scoprendo la suggestiva immagine bizantina della Madonna col Bambino, incoronata da 12 stelle e avente a destra il sole (simbolo di Cristo) e a sinistra la luna (simbolo della Vergine).

Da allora in poi, di fronte al ripetersi di miracoli, tale fu il concorso dei fedeli, che il Vescovo di Andria, mons. Luca Fieschi, insieme con il duca d’Andria Fabrizio II Carafa e tutto il clero, si recò il 6 giugno successivo per celebrare una Messa di ringraziamento alla Vergine invocata come “S. Maria dei Miracoli d’Andria”.

Si pensò allora di affidare la “grotta” ai Padri Benedettini cassinesi, della Chiesa dei SS. Severino e Sossio di Napoli. Costoro costruirono dapprima la Chiesa intermedia detta “della Crocifissione”; poi, di fronte all’aumento sempre crescente dei pellegrini, nella prima metà del ‘600 chiamarono l’architetto bergamasco Cosmo Fonzaga perchè costruisse la Chiesa superiore. Nel frattempo si stava provvedendo alla costruzione del grande Monastero, oggi sede dell’Istituto Tecnico agrario Provinciale “Umberto I”.

Le cronache registrano parecchi episodi legati ai grandi benefattori del Santuario, fino al coinvolgimento dei Benedettini nel famoso assedio di Andria del 1799 da parte dei francesi, al tempo della Repubblica partenopea.

Quando Giuseppe Bonaparte, re di napoli, emanò la legge sulla soppressione degli Ordini religiosi (1807), il Monastero fu confiscato, la chiesa dissacrata e i monaci espulsi. Tuttavia, Gioacchino Murat, succeduto al Bonaparte, dietro le insistenze del Vescovo, mons. Lombardi, autorizzò l’apertura seppure limitata della Chiesa